南通市中医院是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“省文明医院”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省、市医院管理年活动先进单位”、“南通市服务经济建设先进单位”、“市十佳医院”、“无红包医院”等称号。
医院连续12年实现跨越式发展,每年以20%左右的速度发展。2005年6月,医院成功地承办了“首届全国著名中医药学家传承高层论坛”,30多位著名中医药学家及近千名代表齐聚盛会共商传承发展中医大计。国家中医药管理局前局长佘靖、副局长马建中、医政司长许志仁等领导先后到南通市中医院视察,充分肯定了南通市中医院的跨越式发展。